Die Stiftung Herzzentrum Münster ist mit dem Förderkreis Herzzentrum Münster organisatorisch verbunden. Wie der Förderkreis Herzzentrum Münster ist sie steuerlich gemäß Freistellungsbescheid des Finanzamts Münster-Außenstadt als gemeinnützig anerkannt.

Während der Förderkreis sich auf kurzfristige Projekte konzentriert, ist die Stiftung an längerfristigen Zielen orientiert.
Sie hat sich zur Aufgabe gesetzt, die Ausbildung des medizinischen und wissenschaftlichen Nachwuchses in der Herz-Kreislaufmedizin zu fördern.

Ein Projekt der Stiftung ist die Ausrichtung der Münster Heart Center Lecture, bei der jedes Jahr international renommierte Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler auf dem Herz-Kreislaufgebiet eingeladen werden.